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2001년 10월 15일 한일 정상 간 합의와 2002년 정부 간 추진계획을 바탕으로 양국 연구자들이 서울에서 첫 전체회의를 개최함. 교과서 문제로 악화된 관계 속에서 정확한 역사 사실과 역사인식에 대한 상호 이해를 넓히려는 연구의 장을 마련함.

연구는 고대·중근세·근현대 등의 주제를 나누어 진행됐으며, 각 쟁점의 해석이 모두 하나로 합의된 것은 아니었음. 2005년 제1기 보고서 공개 뒤 제2기 연구로 이어짐.