분쟁의 중심에는 출판사가 실제 판매부수를 제대로 정산했는지와 그에 따른 인세 지급 의무가 있었음. 이 문제에서는 민사재판에서 약 35억 원의 미지급 인세가 인정됐고, 형사재판에서도 출판사 대표가 가짜 출고현황표 등을 이용해 인세를 편취한 혐의로 유죄를 선고받음.
반면 《만화로 보는 그리스 로마 신화》를 바탕으로 제작된 《올림포스 가디언》과 극장판의 저작권 문제는 별도의 법적 판단을 받음. 법원은 홍은영이 2001년 출판권을 제외한 2차적 저작물 작성권과 캐릭터 상품화권 등을 양도한 계약을 체결한 사실 등을 근거로 극장판이 저작인격권을 침해했다고 보지 않았으며, 극장판 배급 중단 요구에 따른 손해배상 책임도 일부 인정함.
2005년 법원이 출판계약 해지의 효력을 인정하면서 가나출판사는 홍은영이 그린 기존 1~18권을 기존 계약에 따라 계속 새로 인쇄·판매할 수 없게 됨. 가나출판사는 같은 해 19권 《오디세우스의 복수》부터 서영 등 다른 그림 작가를 기용해 시리즈를 계속했고, 홍은영은 2007년 자신의 이름을 내건 《홍은영의 그리스 로마 신화》를 새로 출간함. 이 때문에 법적 분쟁은 단순한 금전 배상에 그치지 않고 독자들이 접하는 시리즈의 작화와 출판 계보 자체가 갈라지는 결과로 이어짐.